ناگفته پیداست که تنها با به‌کارگیری سیستم‌های مدیریت محتوا نمی‌توان پایگاه اینترنتی روزآمد و باکیفیتی را ایجاد کرد و برای رسیدن به این هدف نیاز به برنامه ریزی دقیق و اصولی و نیز انتخاب نرم‌افزار مناسب مدیریت پایگاه می‌باشد. برنامه هایی که امروزه برای مدیریت محتوای پایگاه‌های اینترنتی یا انجام پاره‌ای از امور دیگر تولید شده‌اند، ویژگی‌های خاص خود را دارند و همه آنها تمام اهداف مورد نظر یک پایگاه اینترنتی علمی را تامین نمی‌کنند. این در حالی است که پایگاه‌های علمی نیز بنابر ماهیت خود شامل حجم بالای اطلاعات و گستردگی تخصص‌ها، نیاز به تبادل سریع اطلاعات و تولید علم و فناوری و پیشگامی در استفاده از آن نیازهای خاصی را مطالبه می‌کنند. بر این اساس مراحل شکل‌دهی و تداوم یک پایگاه اینترنتی علمی را می‌توان به شکل زیر پیشنهاد نمود:
- نیاز سنجی اولیه و تعیین اهداف و تقسیم بندی منابع و مسوولیت‌ها بر اساس وظایف
- ایجاد مستندات وبگاه شامل اهداف، برنامه و راهکار‌ها
- انتخاب یا توسعه نرم‌افزار مدیریت وبگاه برای انجام برنامه‌های پیش‌بینی شده
- ایجاد محتوی با دقت، کیفیت و سرعت مناسب
- آموزش و فرهنگ‌سازی برای استفاده از امکانات و قابلیت‌های برنامه
- راه‌اندازی وبگاه و به روز‌رسانی محتویات با کمک مسوولین بخش‌های مختلف
- بررسی میزان تطابق با اهداف و انجام تغییرات لازم در برنامه
طبیعی است که راه‌اندازی این نوع از پایگاه‌ها مستلزم صبر و حوصله کافی است تا بررسی‌ها و مطالعات اولیه به خوبی انجام گیرند و نیازمندی‌های سیستم شناسایی شوند. پایگاه‌های اینترنتی پیشرفته علمی بر خلاف پایگاه‌های کم کیفیت، محتواگرا و دارای اهداف و برنامه مشخص و تدوین شده هستند، برای ارتقا و بهبود عملکرد سیستم طراحی می‌شوند و به‌طور معمول از روند چرخه‌ای و متاثر از پس‌خوراندها تبعیت می‌کنند.